Quando, l'8 settembre 1943, fu dato l'annuncio dell'[[armistizio di Cassibile|armistizio]] dell'Italia con gli [[Alleati della seconda guerra mondiale|Alleati]], egli si trovava in caserma ad [[Alessandria]]. Come ufficiale, col grado di tenente di artiglieria, rifiutò di combattere per la [[Repubblica Sociale Italiana|Repubblica Sociale]]: fu arrestato dai Tedeschi il 9 settembre e imprigionato nella [[Cittadella di Alessandria]]. Venne quindi inviato nei [[campo di concentramento|campi di prigionia]] tedeschi di [[Częstochowa]] e [[Beniaminów]] in [[Polonia]] e poi in [[Germania]], a [[Wietzendorf]] e [[Sandbostel]], dove rimase due anni assieme agli altri [[Internati Militari Italiani]]. Qui compose ''[[La favola di Natale]]'', racconto musicato di un sogno di libertà nel suo [[Natale]] da prigioniero. Riguardo al duro periodo di prigionia, disse: «Non abbiamo vissuto come i bruti. Non ci siamo rinchiusi nel nostro egoismo. La fame, la sporcizia, il freddo, le malattie, la disperata nostalgia delle nostre mamme e dei nostri figli, il cupo dolore per l'infelicità della nostra terra non ci hanno sconfitti. Non abbiamo dimenticato mai di essere uomini civili, con un passato e un avvenire»<ref>[[Michele Brambilla]], «Un candido reazionario. Cinquant'anni fa moriva Giovannino Guareschi. L'italiano più tradotto all'estero andò quasi solo al cimitero», Il Foglio Quotidiano, 7-8 luglio 2018, p.IX</ref>. Tornò dal lager che pesava 40 chili. In seguito, descrisse il periodo di prigionia nel ''[[Diario clandestino]]''.